사실 새만금 간척은 서해안 갯벌 생태계 파괴 및 인근 어민들의 생계를 빼앗는다는 환경단체, 사회단체의 반대가 굉장히 거센 정책이었다. 새만금 간척 이후 인근 갯벌 어업이나 관광업은 말 그대로 막장 상태가 되었다고 봐도 무방하다.
그럼에도 역대 정권에서 좌우 가리지 않고 결국엔 모두 새만금 간척 사업을 강행하는 방향으로 진행되었다. 시작부터가 노태우 정권의 호남 민심 포섭을 위한 일종의 개발이었고, 전북도청 입장에서도 숙원의 사업이었기 때문. 반대한다면 일부 환경단체와는 합세할 수 있지만, 한 지역을 적으로 돌리게 되는 아이러니한 상황이었던 것. 게다가 2000년대에는 이미 많은 비용이 투자된 뒤였기에 간척 사업이 무산 될 경우 그동안의 투자비용을 매몰비용으로 포기해야 해서 그 후폭풍이 극심할 것이 뻔했다. 그래서 여러 차례 시민단체에서 상당한 반대 여론을 불러일으켰지만 결국 끝까지 진행되었다.
이미 90년대 후반부터 새만금 담수호가 제2의 시화호가 될 것이라는 경고가 환경 단체를 중심으로 나오고 있었고 이 때문에 공사가 2년 반 정도 중단되었던 적이 있었으나 결국은 수질 개선 사업 병행을 조건으로 재개되어 완공되었지만 수질 개선 사업을 진행했음에도 불구하고 방조제 완공 10년이 지난 지금 결국 환경 단체들이 우려한 대로 새만금 담수호는 제2의 시화호로 전락되고 말았다.
현재 새만금호의 수질은 5, 6등급으로, 최소한 농업용수로 쓰일 수 있는 3, 4등급에도 미치지 못하고 있고 수중 내 산소부족으로 수중생물들이 전멸해 부패층을 이루는 상황인지라 시화호처럼 해수 유통을 시켜야 한다는 주장이 제기되고 있다. 하지만 해수 유통이 실현되면 복합산업단지 조성이라는 청사진은 빛이 바래게 될 뿐더러 해수 유통을 결정하는 것은 사실상 새만금 사업이 막대한 국고를 축내고 본전도 못 건진 실패한 사업임을 스스로 인정하는 꼴이 되기 때문에 정부와 전북도측은 해수 유통에 대해 소극적일 수밖에 없다.
