사내 연애가 가장 문제가 되는 것은 공적인 업무연락과 보고, 회의가 이뤄져야 할 회사 내의 소통을 사적인 것으로 만든다는 것이다. 특히 사내 연애를 하는 커플들의 경우 업무 처리에서 문제가 발생할 경우 덮어버린다. 이는 뭐 사내 정치에서도 라인안에서 빈번하게 나타나는 것이지만 사내 연애의 경우에는 사내 정치와는 달리 감출 경우 외부에 잘 드러나지 않아서 문제의 원인을 추적하기가 힘들 수도 있다. 이 때문에 사내 연애는 지양되는 경우가 많으며 심한 경우 사규로 사내 연애를 금지하기도 한다. 그래서 사내 연애를 하는 커플들은 잘 드러내지 않는다.
그리고 헤어지면 한 쪽이 회사를 그만두는 경우가 꽤 생긴다. 헤어지면 인사권을 발휘해서 안 보이는 부서로 옮기면 되겠지만 일반사원들이 그런 게 가능할리가 없으니. 캠퍼스 커플이랑 꽤 비슷하다. 캠퍼스 커플들은 헤어지면 한 쪽이 휴학한다든가 하는 식이지만.