아카데미 검은머리 외국인은 일본 라이트 노벨을 배경으로 하고 있으며, 여러 패러디와 남성향 하렘물로서 남성향 독자들에게 어필하는 소설이었다. 이에 따라 유료 연재 후 정식 표지의 초기안은 일본 라이트 노벨 번역과 히로인 쟁탈전을 선호하는 해당 소설의 독자들을 염두에 두고 제작되었다.
그러나 이러한 초기안과 달리 실제 표지는 검열된 버전으로 업로드되었고, 작가가 문피아 매니지먼트의 검열 지침에 의해 이렇게 되었다며 자신의 의도와는 다르고 원하지 않았음을 밝혔다. 이에 따라 문피아의 검열 논란이 발생하였다. 여성 캐릭터의 노출에 한해서만 검열을 시도하던 페미니스트 관련 검열 논란과 매우 유사했기 때문이다.
검열 이전인 왼쪽 표지는 일본 라이트 노벨 패러디와 남성향 하렘물, 아카데미물이란 작품 컨셉과 일치하도록 여자 주인공의 가슴과 사이 하이 삭스, 허벅지 일부 노출을 통해 히로인을 어필했으며, 마찬가지로 작가의 필명 아래에 표지 일러스트레이터의 닉네임, 그리고 일본어 원제도 포함되어 있었다.
그런데 검열된 버전인 오른쪽 표지는 가슴이 절반 이상 작아지고 허벅지는 스패츠로 가려졌으며, 일러스트레이터의 닉네임과 일본어 원제까지 삭제되었다. 그리고 주인공의 눈 부분 디자인이 수정되어 어느 정도 평범한 고등학생 느낌이 나던 것이 어린 미소년스러운 외모로 변경되었다.
이러한 검열은 독자들에게 극심한 반발을 받는다. 이 소설을 읽는 독자들은 라이트 노벨 패러디와 남성향 하렘물이라는 소설의 성격을 잘 알고 있었으며 이런 요소들을 즐기며 읽던 것이기 때문이었다. 뿐만 아니라 20년대에 이르러 남성향 하렘물을 선호하는 심리에는 BL 드리프트 등 남성향에서 발생한 젠더 논란에 대한 반발도 포함되어 있었다. 애초에 독자들은 젠더 갈등이란 측면에서, 논란이 일어나기 힘든, 확실한 남성향 장르라는 점에서 하렘물을 읽는다는 것.
그렇다면 표지 또한 독자들의 성향에 맞추는게 정상이었지만, 표지 검열은 작가가 공지사항에서 밝혔듯이, 현재의 독자들이 아닌 유통상의 문제를 염려하여 벌어진 일이었다. 또한 유통상의 문제라 하더라도 옷으로 가려진 가슴과 허벅지 일부 노출이라는, 상식적으로 허용될만한 노출과 체형마저 수정하는 건 비정상적인 일로 여겨졌기 때문에 독자들로부터 강한 반발을 받게 되었다.
이 때문에 해당 검열이 웹툰에서 자주 벌어지는, 여성 캐릭터 한정 (페미발) 검열이며, 나아가서 문피아가 네이버에 인수되면서 네이버 웹소설의 극심한 검열이 적용되고 있다는 증거라는 지적이 나오기 시작한다.
이에 따라 해당 표지 검열 사태는 검열 논란으로 확산되었고, 문피아 웹사이트에 항의 게시글이 쇄도하기 시작한다. 후술되지만, 문피아는 해당 사건의 원인이 된 공지사항을 삭제하며 또다시 논란을 일으켰다.
그리고 문피아의 공식 사과문이 올라왔다. 사과문을 통해 문피아는 표지 검열은 의도치 않은 실수였으며, 표지는 작가의 의도가 최우선이어야 하며, 따라서 이는 전적으로 커뮤니케이션이 미숙했던 문피아의 대응 잘못이라고 밝혔고, 작가와 독자에게 사과함을 밝혔다.
그러나 표지검열만 이야기하면서 은근슬쩍 내용이 수정된 재벌집 막내아들에 관한 언급은 하지 않고 있고, 언급된 표지 문제에 대해서도 시정조치를 취하겠다는 내용이 없으며, '의도치 않게' 젠더이슈를 촉발시켰다는 문구 때문에 제대로 된 사과문이 아니라는 반응이 지배적이다.
또한 표지 문제 및 작가의 의도에 대해선 간접적으로 존중하고 우선할것이라고 언급할 뿐, 직접적인 검열 축소와 자율, 그리고 기타 차별 논란에 대한 언급이 없다는 점이 해당 사과문의 맹점으로 지적된다.
한편 본래 문제가 되었던 아카데미 검은머리 외국인의 표지는 초기안이 아닌 사이하이삭스, 일러스트레이터만 복귀된 2차 수정본 표지 그대로인 상태이다.
한편 커뮤니티를 통해 확인된, 문피아 대표 금강은 문피아 내부 커뮤니티 문향지연을 통해, 해당 사태의 원인인 표지검열은 문피아가 받은 수차례의 경고 때문이라고 밝혔다. 19금 연재란을 비롯한 문피아 시스템 몇군데가 청소년 유해매체로 지정되어 있으며, 재발 방지를 약속으로 문피아 전체 유해매체 지정을 겨우 빗겨나간 상태이기 때문. 전체 유해매체 지정이 떨어지면 전체 성인 인증부터 여러 제약이 추가된다고 밝혔다.
또한 아카데미 검은머리 외국인의 경우 표지의 교복이 문제라고 내부에서 판단을 내렸으며, 따라서 예상되는 사이트 제재를 피하기 위해 협의를 거치던 과정에서 문피아가 벌인 통보형식의 미스 커뮤니케이션이 원인이라고 밝혔으며, 또한 '아카데미 플레이어를 죽였다'의 경우 교복이 아니므로 체형 변경없이 원안 표지대로 가기로 결정되었다고 밝혔다.
그러나 커뮤니티상의 간행물윤리위원회 심의기준과 여성부, 문체부 문의에 따르면 문피아에 교복 즉 아청법과 관련된 경고와 제재가 이루어지거나 그만큼의 규정 위반이 이뤄진 사례, 혹은 해당 부서에서 아청법 관련으로도 문피아에 지시한 사항이 없다고 나와 이에 대해서도 적절한 추가 해명이 필요한 상황.
다만 2019년 11월 11일, 실제로 문피아가 청소년 유해매체물로 선정된 것이 확인되었다. 그러나 이 경우 사이트에 연재중이던 야설이 문제되거나 19금 소설의 분류, 성인인증이 미흡해서 선정된것이지 일러스트 문제와는 상관이 없으므로 해명으론 적절하지 않단 지적이 나오기도 하였다.
